تعد استقلالية الديوان عن السلطتين التشريعية والتنفيذية أمراً ضرورياً ولازماً لتمكينه من أداء المهام الرقابية الموكلة إليه بحياد وشفافية ومهنية تفضي إلى ترسيخ مصداقية نتائج أعماله. وقد كفل الدستور والقانون استقلالية الديوان واستقلالية موظفيه في أداء مهامهم، وفيما يلي ملخص لأبرز ما ورد في القانون بهذا الخصوص:
منح القانون للديوان صلاحيات كاملة للقيام بمهام الرقابة بجميع أنواعها المنصوص عليها في قانون انشائه، حيث يباشر اختصاصاته عن طريق التدقيق والتفتيش والفحص والمراجعة، وله أن يقوم بهذه العمليات من تلقاء نفسه أو بناء على طلب الجهات المشمولة برقابته، ويجوز أن يكون التفتيش مفاجئاً، والرقابة شاملة أو انتقائية.
يتمتع الديوان باستقلال كامل في وضع خطة عمله بموجب المادة (44) من قانونه، فيما تُحاط هذه الخطة بالسرية التامة بحيث لا تعلم بمحتوياتها أية جهة من الجهات المشمولة برقابته.
بموجب المادة 41، يكون للديوان ميزانية مستقلة تُدرج رقما واحدا تحت قسم خاص في الميزانية العامة للدولة، ويضع رئيس الديوان مشروع الميزانية التفصيلية بموافقة جلالة الملك ويرسل في الميعاد القانوني إلى وزير المالية، ليتم إدراجه تحت قسم خاص بالميزانية العامة للدولة.
والمادة 26 "يكون لرئيس الديوان صلاحيات الوزير بالنسبة لموظفي وزارته، كما تكون له السلطة المخوّلة لوزير المالية فيما يتعلق بوضع تقديرات ونفقات الديوان في الميزانية، وفيما يتعلق باستعمال الاعتمادات المقررة للديوان فيها، دون أن يخضع في ذلك لرقابة مجلس الوزراء أو وزارة المالية والاقتصاد الوطني أو ديوان الخدمة المدنية".
بموجب المادة 31 من قانونه، فإنه يُحظر على موظفي الديوان تولي أي وظيفة عامة أو مزاولة عمل مهني أو تجاري أو الشراء من الدولة أو تأجيرها أو بيعها، أو المشاركة في أية التزامات تعقدها الدولة، كما لا يجوز للموظف الجمع بين وظيفته ومجلس إدارة أية مؤسسة عامة أو هيئة أو شركة.
